16. yüzyılda geçen büyüleyici bir aşk masalı… Babür Şahı Celaleddin Muhammed Akbar ve Hindu Rajput prensesi Jodhaa… İki krallığın ittifakı için yapılan zorlama bir evlilikten gerçek bir aşk doğuyor. İmparatorluğunun sınırlarını, birbirinden başarılı fetihlerle; Himalayalar'dan Afganistan'a kadar devasa bir alanda genişleten İmparator Akbar için politik başarının çok da değeri yoktur. Onun için, refah bir imparatorluğun tanımı, barış, huzur ve hoşgörü içinde yaşayan halklardır. Hoşgörüsü, cömertliği, gücü ve zekası ile İmparator Akbar, sonunda Hindu bölgesinin en saldırgan ve cesur halkı olan Rajput'ların sadakatini de kazanır. Her iki taraf da bu bağlılığın daha da güçlenmesi için ne yapılması gerektiğinin farkındadır. İki taraf arasında bir evlilik. Güzeller güzeli Rajput prensesi Jodhaa, babasının zoruyla, hiç görmediği İmparator ile evlenmeyi kabul eder. Ama gerçek bir Müslüman olan Akbar'dan, kendi geleneklerini koruyacağı konusunda söz ister. Prensesin, sarayına kendi rızasıyla gelmediğini fark eden İmparator, Jodhaa'nın ve Rajput halkının kalbini kazanmak ve imparatorluk sınırları içinde hayalini kurduğu refahı sağlamak için şimdiye dek alışık olmadığı bir sınav vermek zorundadır. Bunlar yetmezmiş gibi, imparatorluğu içten yıkmak isteyen güçler yavaş yavaş harekete geçer. Akbar acımasız iç ve dış savaşlarda krallığının bütünlüğünü korumaya çalışırken, eşine az rastlanır güçlü ve gerçek aşkın kollarında bulur kendini… Ve fark eder ki onun için asıl savaş şimdi başlamaktadır…