Filmde, 1982 yılında hayatta kalan son uzaylıların, yaşamlarını idame ettirebilmek için dünyayı mesken tutmalarının hikayesi anlatılıyor. Güney Afrika'nın bir bölgesine yerleşen uzaylılar çok geçmeden bir araştırma ekibi tarafından keşfedilip gözlem altına alınırlar. MNU isimli özel bir şirketin denetimi altında tutulan uzaylılar, District 9 isimli bir bölgeye konuşlandırılırlar. Bu şirketin yetkilileri uzaylıların teknolojisinin sırlarını öğrenip uygulamayı, böylece de muazzam paralar kazanma peşindedir. Bunun için gerekli olan şey ise uzaylı DNA'sıdır. MNU çalışanı Wikus van der Merwe esrarengiz bir virüs tarafından saldırıya uğrar ve uzaylılara benzemeye başlar. Şirket şimdi kendi çalışanının peşine düşecek, Merwe ise tek sığınabileceği yer olan District 9'a doğru yola çıkacaktır.